Inštitúcie, s ktorými Slavistický ústav Jána Stanislava SAV má podpísanú dohodu o spolupráci
- Slovenský komitét slavistov
- Pontificio Istituto Orientale v Ríme
- Matica slovenská
- Ústav hudobnej vedy SAV, v.v.i.
- Ústav orientalistiky SAV, v.v.i.
- Ústav svetovej literatúry SAV, v.v.i.
- Katolícka univerzita v Ružomberku
- Centrum spirituality Východ-Západ Michala Lacka Trnavskej univerzity
- Slovanský ústav AV ČR
- Ústav slavistiky Filozofickej fakulty Masarykovej univerzity v Brne
- Vedecké centrum Cyrila a Metoda pri Bulharskej akadémii vied
- Ústav bulharského jazyka prof. Ľ. Andrejčina Bulharskej akadémie vied
- Ústav slavistiky RAV
Ďalšie spolupracujúce inštitúcie
- Jazykovedný ústav Ľudovíta Štúra SAV
- Spoločenskovedný ústav SAV
- Ústav etnológie SAV
- Filozofická fakulta Prešovskej univerzity
- Filozofická fakulta Univerzity Komenského
- Filozofická fakulta Univerzity Konštantína Filozofa v Nitre
- Filozofická fakulta Univerzity v Novom Sade
- Teologická fakulta Trnavskej univerzity
- Gréckokatolícka teologická fakulta Prešovskej univerzity
- Prešovská gréckokatolícka archieparchia
- Košická gréckokatolícka eparchia
- Pedagogická fakulta Trnavskej univerzity
- Pravoslávna bohoslovecká fakulta Prešovskej univerzity
- Ústav všeobecných dejín RAV