На белом (серебристом или прозрачном) поле из открытой золотой книги вырастает двойной синий крест. Под его нижним (длинным) древом находится аббревиатура названия Института: SÚ JS (Slavistický ústav Jána Stanislava).
Белое (серебряное или прозрачное) поле характеризует объективность фундаментального научного исследования.
Открытая книга символизирует комплекс знаний, сведений и источников, необходимых при научном исследовании. Золотой цвет открытой книги знаменует вдохновение и благоразумие.
Двойной крест, вырастающий из золотой книги – символ кирилло-мефодиевской традиции и национального наследия. Синий цвет креста означает правду и представляет множественность точек зрения как условие интердисциплинарного исследования.